Struktur organisasi Pemerintah Desa biasanya disesuaikan dengan peraturan yang berlaku di Indonesia, seperti Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa dan peraturan turunannya. Berikut ini adalah struktur organisasi Pemerintah Desa yang umum:

1. Kepala Desa 
   - Pemimpin tertinggi di tingkat desa.
   - Bertanggung jawab atas pelaksanaan pemerintahan, pembangunan, dan pemberdayaan masyarakat desa.

2. Sekretariat Desa 
   Dipimpin oleh Sekretaris Desa , yang bertugas membantu Kepala Desa dalam hal administrasi. Sekretariat Desa terdiri dari:
   - Kepala Urusan Tata Usaha dan Umum 
   - Kepala Urusan Keuangan 
   - Kepala Urusan Perencanaan 

3. Pelaksana Teknis 
   Kepala Desa dibantu oleh perangkat teknis, yang sering disebut Kepala Seksi :
   - Kepala Seksi Pemerintahan : Mengurus administrasi pemerintahan desa.
   - Kepala Seksi Kesejahteraan : Mengurus pembangunan dan kesejahteraan masyarakat.
   - Kepala Seksi Pelayanan : Mengurus pelayanan masyarakat.

4. Kewilayahan 
   - Kepala Dusun  atau Kepala Wilayah, bertanggung jawab atas wilayah tertentu dalam desa (dusun, RW, atau RT).

5. Badan Permusyawaratan Desa (BPD) 
   - Badan perwakilan masyarakat desa yang memiliki fungsi pengawasan terhadap pelaksanaan pemerintahan desa, menyerap aspirasi masyarakat, dan membuat peraturan desa bersama Kepala Desa.

6. Lembaga Kemasyarakatan Desa (LKD) 
   Lembaga pendukung Pemerintah Desa, seperti:
   - Karang Taruna : Lembaga kepemudaan.
   - PKK (Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga) : Fokus pada pemberdayaan perempuan.
   - LPM (Lembaga Pemberdayaan Masyarakat) : Untuk mendukung pembangunan desa.